Родился в 1982 г. в Ленинграде. Окончил музыкальную школу им. Свиридова по классу виолончели (педагог — О. И. Руднева), в 2003 г. — Музыкальное училище им. Мусоргского (специальность — «контрабас») в классе О. И. Кириллова и в 2010 г. Санкт-Петербургскую консерваторию им. Римского-Корсакова в классе А. А. Шило.
С 2011 г. Виктор Кононенко является артистом Симфонического оркестра Капеллы Санкт-Петербурга. С 2017 г. работает также в Симфоническом оркестре Михайловского театра. До 2011 г. играл в Камерном оркестре Санкт-Петербургской консерватории, оркестре театра «Санкт-Петербург Опера», Санкт-Петербургском государственном академическом симфоническом оркестре под управлением Р. Э. Мартынова.
Виктор Кононенко многократно становился участником молодежных и профессиональных международных проектов в странах Европы и Азии (Балтийский молодежный оркестр, Симфонический оркестр Индии, The Nordic Symphony Orchestra и др.). Лауреат международного фестиваля в Болгарии (2001).
